《朝鲜名侦探：高山乌头花的秘密》以1782年的朝鲜为背景。正祖为削弱老论势力，下令查办各地贪污案件，并任命崔侧根（金明民饰）为探正。崔侧根是朝鲜历史上颇具才干的侦探，一名因揭发贪污而遭杀害的户房，引出了他对案件的调查。他很快凭借敏锐的推理找到了患有色盲症的真凶，却没想到凶手随即被一名身份不明的杀手用从清国进口的铁针灭口，案情因此陷入僵局。
随后，崔侧根收服擅长盗窃的韩西弼（吴达洙饰）作为助手，并接手调查一桩烈女案。老论首领任判书的侄女金贤英为守贞洁而自杀，她生前开辟高山乌头农场，提倡人人平等，因此深受奴隶们爱戴。金贤英死后，农场由美艳的清国商人韩商行（韩智敏饰）接管，而她似乎也与清国铁针有着密不可分的联系。与此同时，憎恨天主教势力的任判书与韩商行之间同样存在复杂渊源。随着贪污案与烈女案的线索逐渐交织，所有谜团最终都指向了韩商行。
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