《御用金》以德川幕府延续三百年的统治时期为背景。佐渡出产的金银是政府财政的重要支柱，因此被称为“御用金”。这些金银经过加工后，还要历经艰险运往江户，而航程中的暗礁与急流，始终威胁着运金船的安全。
天保二年冬天，一艘运金船在越前鲭江藩的海面上遇难。附近黑崎村的村民捡到了船上的金银，可没过多久，全村人便离奇失踪。三年后，浪人胁坂孙兵卫（仲代达矢饰）遭到追杀，而派出刺客的，竟是他昔日的好友带刀。随着调查深入，孙兵卫得知，黑崎村村民消失的悲剧即将再次上演。隐藏在这一连串事件背后的，究竟是什么秘密？
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