《夺宝奇兵3》讲述了寻找圣杯的冒险故事。传说，饮用耶稣在最后的晚餐中使用过的圣杯里的水，便能获得长生不老的力量。一次掘金活动中，记载着圣杯线索的碑石重见天日，圣杯的传说随即吸引了众多疯狂的寻宝者。印第安纳·琼斯博士（Harrison Ford饰）也加入了寻找行列，而他的父亲老琼斯（Sean Connery饰）早已深陷其中，并在留下圣杯笔记后神秘失踪。
来到威尼斯后，琼斯与早已约好的史奈达博士（Alison Doody饰）碰面。两人在图书馆中依据线索找到圣盾，却因此遭到十字剑兄弟的追杀。历经重重波折，琼斯终于找到了父亲，但史奈达的纳粹身份也随之暴露，圣杯笔记更被人夺走。眼看圣杯即将落入纳粹手中，琼斯父子携手踏上了拯救圣杯的惊险旅程。
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