《中国最后一个太监》讲述了来喜曲折而悲凉的一生。宣统三年，偏僻山村的穷孩子来喜目睹本村大太监小德张“衣锦还乡”，心中萌生了进宫的念头。母亲虽然万分不舍，但在父亲的劝说下，还是为来喜净身，将他送入宫中，只求全家能够摆脱贫困、勉强温饱。
成年后的来喜并未如愿过上衣食无忧的生活。民国推翻满清后，宫中的太监也无法继续留在宫里。离宫后的来喜投身戏班，拜班主为师学习技艺，并与儿时好友招弟重逢。招弟误以为来喜是革命党人，甚至愿意以身相许，得知他的太监身份后，却在失落中离开。为躲避军阀追捕，来喜再次混入紫禁城，在丁公公的照料下暂得安身。然而，经过一连串的政治斗争，来喜和丁公公最终还是被驱逐出宫。此时，已经怀孕的招弟重新出现在来喜面前。
多年以后，当来喜以为自己终于有机会获得幸福时，招弟的革命党丈夫再次出现。与此同时，仍对皇帝怀有最后愚忠的丁公公，打算带着来喜前往日本领事馆照顾溥仪。面对感情、身份与时代巨变的重重牵扯，来喜再次陷入艰难的抉择。
剧情片