《霹雳神州》讲述魔界传说再度席卷神州，玄宗奇者震撼尘寰，轩辕今生为求一败而来，鬼将重现更使苍生陷入危局。军神将与梵天交锋，剑圣对上拳皇，风云变幻之间，神州即将展开全新篇章。
东瀛大军动作频频，素还真与莫召奴各司其职，并与神鹤佐木联手守护中原。与此同时，莫召奴携神秘剑客返回东瀛，试图与天皇达成和平共识。然而紫耀天朝覆灭之际，地狱岛圣阎罗的阴谋也逐渐浮出水面。素还真、神鹤佐木与问天谴三人并肩作战，对抗地狱岛大军、鬼夜母獠娜以及东瀛犬若丸所率领的军势，在女娲娘娘与六祸苍龙的支援下，神州全面陷入战火。
为击败地狱岛，女娲娘娘最终牺牲，风飞沙顺利继位，仙灵地界则因伤亡惨重而退出武林。可是，地狱岛中还囚禁着一名智勇双全的罪犯——轩辕不败。虽然圣阎罗中了素还真的计策而亡，轩辕不败却成功脱困，成为素还真即将面对的新敌人。另一边，魔界传说中的战神银锽朱武，在伏婴师与九祸的安排下登上王座，再度统领魔界入侵中原。
犬若丸率领的东瀛先锋军已在中原建立据点，随后他与兄长伯藏主联手消灭鬼夜母，并撤离中原。然而，东瀛真正的主力随即登场，神风营大将京极鬼彦带来更严峻的威胁。魔焰日益猖獗之际，玄宗四奇中最强的两人墨尘音与赭杉军，也为了守护神州支柱而踏入尘寰。神州支柱究竟隐藏着什么秘密？面对接踵而至的强敌，素还真又将如何应战？
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