《魔法科高校的劣等生 追忆篇》的故事发生在二十一世纪末的日本。魔法早已不再是传说，而是发展了近一个世纪、被广泛应用于现实社会的现代科学技术。那些过去被称为“超能力”的先天能力，如今被纳入“魔法”这一体系之中，而掌握高超魔法的魔法师，也被视为国家实力的重要象征。
西历2095年春，新生入学季到来。国立魔法大学附属第一高校，通常被称为“魔法科高校”，是一所由优秀的“一科生”和作为其替补的“二科生”组成的精英学校。两类学生分别被冠以“花冠（bloom）”与“杂草（weed）”的称号。
就在这一年，一对兄妹踏入了魔法科高校。哥哥司波达也虽然被视为能力有所欠缺的劣等生，却始终以超然达观的态度面对一切；妹妹司波深雪则是近乎完美的优等生，并且对哥哥怀有超越普通血亲的深厚感情。随着两人的入学，这所原本平静的精英校园，也逐渐卷入一连串骚动之中。
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