生于大海、守护大海、驶向大海，这就是蓝色人鱼。怀抱着守护海洋安全这一职业梦想的岬明乃，进入横须贺女子海洋学校后，被任命为航洋舰“晴风”的舰长，并与同班同学一起参加海洋实习。
原本只需驾驶舰船安全抵达目的地的航行，却因教员舰突然开炮、其他学生舰失控并展开战斗，以及参与救难船救护行动等突发事件，变成了一场接连不断的考验。明乃和伙伴们历经重重困难，终于平安返回陆地，也在并肩作战的过程中建立起牢固的羁绊。
骚动结束一个月后，正在享受考试假期的晴风成员又遭遇了新的危机：晴风班即将面临解体。成员们虽然因此陷入动摇，却再次团结起来，最终阻止了班级解体，彼此之间的牵绊也变得更加深厚。
晴风解体危机过去三个月，横须贺举办了汇聚吴、舞鹤、佐世保等地全体女子海洋学校学生的“竞斗游戏会”，文化祭与体育祭也在同一活动中热闹展开。明乃等晴风班成员忙于筹备欢迎祭，大和、信浓、纪伊等超大型舰所在的班级也纷纷前来集会。就在各种表演与竞技如火如荼地进行之际，一场新的危机正悄然逼近。
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