《女高中生给你做饭了》讲述了三位少女的日常故事。佐伯丽奈（原奈津子 配音）是普通的高中二年级学生，性格开朗活泼，对周围的一切都抱有强烈的好奇心。她的同班同学朝比奈凉香（藤田奈央 配音）留着利落的短发，举止爽朗得像个男孩子，不但拥有出色的运动天赋，学习成绩也始终稳居年级第一。丽奈的青梅竹马五十岚琉璃子（徳井青空 配音）则沉默寡言，经常陷入自己的世界，实际上却具备异常强大的灵感，甚至能够看见常人无法察觉的事物。
三个女孩以超市中随处可见的平价食材为原料，亲手烹制出一道道温暖人心的美味料理。
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