《LoveLive! 虹咲学园学园偶像同好会第二季》的故事发生在东京御台场的虹咲学园。这所拥有自由校风与众多专科的人气高中里，普通科二年级学生高咲侑被学园偶像深深吸引，与儿时玩伴上原步梦一同加入了学园偶像同好会。
成员们怀抱着各自不同的心愿，在日常活动中既是彼此竞争的对手，也是相互支持的伙伴。因为“如果能为那些追逐梦想的人加油就好了”，12名少女与1名少女共同编织出属于她们的首次School Idol Project。让心中的悸动再次响起，少女们也将踏上全新的追梦之旅。
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