《我太受欢迎了该怎么办》的主人公芹沼花依（小林优配音）是一个体型偏胖、相貌普通的二次元女孩，沉迷耽美文化，也常常对身边的帅哥展开各种幻想。由于身材原因，她在班级里总是容易被忽略，但只钟情于二次元角色的花依对此毫不在意，也从未对现实中的恋爱抱有期待。
直到她最喜欢的动画角色去世，花依因悲伤过度而逐渐消瘦，没想到竟在一次意外中迎来了颜值巅峰。外貌的变化让她突然成为众人关注的焦点，也意外卷入了一场复杂的感情漩涡。运动能力出众却有些腹黑的五十岚祐辅（小野友树配音）、开朗直率且喜欢孩子的七岛希（河本启佑配音）、外冷内热、沉默寡言的四之宫隼人（松冈祯丞配音），以及性格温柔呆萌、害怕密闭空间的六见游马（岛崎信长配音），都渐渐被花依吸引。面对这群性格各异的男生，花依最终会作出怎样的选择？
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