小智（松本梨香配音）与皮卡丘（大谷育江配音）和伙伴们一起继续踏上冒险之旅。途中，他们遇见了与神奇宝贝胡巴（钉宫理惠配音）同行的少女麦亚丽（中川翔子配音）。胡巴拥有制造时空圆环的能力，可以带着众人穿梭于不同地点之间。随后，一行人来到沙漠深处的城市迪赛鲁西坦。很久以前，这里曾爆发过一场规模惊人的神奇宝贝战争，战争也使这座城市逐渐沦为干旱缺水的沙漠。麦亚丽在此与哥哥巴尔扎（藤原龙也配音）重逢，而巴尔扎手中竟带着一个封印可怕神奇怪手的瓶子。意外之下，封印被解除，那个曾经让迪赛鲁西坦走向毁灭的恐怖怪兽再次现世，而它真正的身份，正是超胡巴（山寺宏一配音）。
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