《破军X档案隐身人》讲述了一场由禁忌实验引发的惊天阴谋。神秘组织的实验意外让曾经的“破军”代号继承人林中飞变成了隐身人，自此彻底从世间消失。三年后，一桩诡异案件将新任探长吴明推到众人面前，而随着调查深入，他的真实身份也逐渐揭开——原来，吴明正是失踪已久的林中飞。
新任“破军”萧健很快察觉到林中飞的阴谋，却因此遭到心爱之人瑶光的怀疑。与此同时，林中飞暗中步步布局，将所有人引入危局。他真正的目的，显然并不只是复仇。生死关头，萧健独自赴约，与神秘的隐身人展开了一场惊心动魄的生死对决。
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