1942年，抗日战争进入艰苦的相持阶段，重庆遭受日军轰炸已达四年。侵华日军总司令冈村宁次偶然得知，重庆西南古刹华岩寺藏有镇寺之宝贝叶金经，而经书中还隐藏着一个足以帮助日军轻易消灭国民党中央政府的惊天秘密。为实现占领全中国的野心，冈村宁次制定了代号阿波罗的作战计划，并派出由日本浪人组成的王牌特工队樱花小组潜入重庆，企图盗走贝叶金经。
樱花小组由光、明子、美亚、阿之四名年轻女子，以及始终以黑纱遮面的首领樱花一号藤原爱组成。藤原爱身份特殊，还是天皇的妹妹。与此同时，重庆军统局局长戴笠截获日军密电，察觉一场危机正在逼近。日军随后一反常态，将轰炸目标从重庆市区转向华岩寺一带，进一步引起各方警觉。
轰炸中，衣着端庄的施绪萍为保护一个孩子被炸伤，幸得华岩寺方丈怀空大师救起。她原是东北军抗日将领解望东的遗孀，逃离东北后，暂住在山脚下替寺院浆洗杂务的柳氏母女家中，并由丫鬟小凤陪伴。怀空大师怀疑日军轰炸华岩寺是为了贝叶金经，于是嘱咐弟子赵云龙和智青加强戒备。戴笠来到寺中，转达蒋介石准备在观音诞日举办护国息灾大法会的安排，怀空大师答应承办。
一天深夜，云龙和智青在大雄宝殿抓住一名窃贼。审问后才知道，此人是冲着贝叶金经而来。确认经书尚未失窃，为避免引发更大事端，怀空大师命人将他放走。然而那名窃贼刚离开山门不久，便被一名黑衣人一刀杀死。随着樱花小组逐步逼近华岩寺，中共地下党、国民党爱国人士和寺中僧侣联手展开殊死斗争，最终以鲜血和生命守护住了贝叶金经，使其完好无损地保存下来。
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