《银鼠》讲述了清朝末年一桩牵动朝廷内外的盗银案。大清国库官银失窃后，工部督办官邱福顺奉慈禧之命负责查案。为人正直清廉的邱福顺意外发现了大内银库被盗的秘密，正准备写奏章上报朝廷，却因此惊动了盘根错节的朝廷权贵。庞总管与桂大人遂命孙七杀人灭口，不留活口。
就在邱福顺幼子虎子百日设宴之时，邱家突遭刺杀并被纵火，唯有虎子在仁医齐达仁的救助下幸存。此后，齐达仁带着虎子隐居深山，教他习医练武。二十年后，虎子长大成人，化名仇隐，由陈浩民饰演，以年轻郎中的身份来到荣府。当年大内银库的总管如今已变成荣大人，由雷恪生饰演。荣大人身患顽疾，众多名医都束手无策，仇隐却成功使他的病情暂时缓解，因此得以留在荣府。
仇隐得知，当年杀害父亲的孙七曾因被踹中要害而终身无法生育，于是将孙七视为首个复仇目标。与此同时，荣大人有两个不肖儿子，府中还迎娶了一名来自新疆的新媳妇。仇隐渐渐与她产生感情，却发现她进入荣府同样另有目的，也是为了复仇。肩负报仇与查明大内银库秘密双重使命的仇隐，在诸多线索早已中断的情况下，能否顺藤摸瓜，最终揭开尘封多年的真相？
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